بعد از پایان جنگ، تمرکز هاشمی بیشتر معطوف به مسائل داخلی ایران میشه. هاشمی امیدوار به بازسازی کشور و احیای رابطه با غربه که انتشار کتاب «آیات شیطانی» و فتوای ارتداد سلمان رشدی با حکم امام، همه چیزو تغییر می‌ده. هاشمی تو خاطراتش اینو صریحا نمیگه اما تو خاطراتش می‌نویسه که برای بعضی‌ها این همه عکس العمل در مقابل این حادثه توجیه نداره.  در این باره می‌نویسه: «نظر فقها را در مورد سب پیغمبر را به مناسبت مساله سلمان رشدی از کتاب جواهر مطالعه کرد. نظر بسیاری از فقها این است که اگر ضرری متوجه نشود، باید سب کننده را کشت ولی حکم اخیر حضرت امام درباره سلمان رشدی، شرط عدم خطر و ضرر را قید نکرده است.» یک هفته بعد از این فتوا امام پیامی برای روحانیت می نویسن و توش میگن: «ضرورتی نیست که در چنین شرایطی ما به دنبال ایجاد روابط و مناسبات گسترده باشیم چرا که دشمنان ممکن است تصور کنند که ما به وجود آنان چنان وابسته و علاقمند شدیم که از کنار اهانت به  معتقدات و مقدسات دینی خود آرام و ساکت می‌گذریم.» نامه نگاری‌ها و سخنرانی‌های تند و متفاوت قائم مقام رهبری آقای منتظری ،امام رو به جمع بندی رسونده بود که تصمیم سرنوشت ساز خودشون رو اجرا کنن. فروردین 1368، با وجود رایزنی های گسترده، دیگه برای همه مسجل شده بود که مسیری که از سال 63 تا 67 با انحراف زیاد از دستورات امام، به هر دلیلی سوا شده، صرفا منتظر یه اعلامه رسمیه، و الا برای همه پیدا بود که دیگه اون اعتبار قبلی برای قائم مقام رهبری وجود نداره ، امام نامه ای خطاب به آقای منتظری نوشته بودند به تاریخ 6 یک 68 "بسم اللّه‌ الرحمن الرحیم جناب آقای منتظری با دلی پر خون و قلبی شکسته چند کلمه‌ ای برایتان می‌ نویسم تا مردم روزی در جریان امر قرار گیرند. شما در نامۀ اخیرتان نوشته‌ اید که نظر تو را شرعاً بر نظر خود مقدم می‌ دانم؛ خدا را در نظر می‌ گیرم و مسائلی را گوشزد می‌ کنم. از آنجا که روشن شده است که شما این کشور و انقلاب اسلامی عزیز مردم مسلمان ایران را پس از من به دست لیبرال ها و از کانال آنها به منافقین می‌ سپارید، صلاحیت و مشروعیت رهبری آیندۀ نظام را از دست داده‌ اید. شما در اکثر نامه‌ ها و صحبت ها و موضعگیری هایتان نشان دادید که معتقدید لیبرال ها و منافقین باید بر کشور حکومت کنند. به قدری مطالبی که می‌ گفتید دیکته شدۀ منافقین بود که من فایده‌ ای برای جواب به آنها نمی‌ دیدم. مثلاً در همین دفاعیۀ شما از منافقین تعداد بسیار معدودی که در جنگ مسلحانه علیه اسلام و انقلاب محکوم به اعدام شده بودند را منافقین از دهان و قلم شما به آلاف و الوف رساندند و می‌ بینید که چه خدمت ارزنده‌ ای به استکبار کرده‌ اید. در مسئلۀ مهدی هاشمیِ قاتل، شما او را از همۀ متدینین متدینتر می‌ دانستید و با اینکه برایتان ثابت شده بود که او قاتل است مرتب پیغام می‌ دادید که او را نکشید. از قضایای مثلِ قضیۀ مهدی هاشمی که بسیار است و من حالِ بازگو کردن تمامی آنها را ندارم. شما از این پس وکیل من نمی‌ باشید و به طلابی که پول برای شما می‌ آورند بگویید به قم منزل آقای پسندیده و یا در تهران به جماران مراجعه کنند. بحمداللّه‌ از این پس شما مسئلۀ مالی هم ندارید. اگر شما نظر من را شرعاً مقدم بر نظر خود می‌ دانید ـ که مسلماً منافقین صلاح نمی‌ دانند و شما مشغول به نوشتن چیزهایی می‌ شوید که آخرتتان را خرابتر می‌ کند ـ با دلی شکسته و سینه‌ ای گداخته از آتش بی‌مهریها با اتکا به خداوند متعال به شما که حاصل عمر من بودید چند نصیحت می‌ کنم دیگر خود دانید 1ـ سعی کنید افراد بیت خود را عوض کنید تا سهم مبارک امام بر حلقوم منافقین و گروه مهدی هاشمی و لیبرال ها نریزد. 2ـ از آنجا که ساده‌لوح هستید و سریعاً تحریک می‌ شوید در هیچ کار سیاسی دخالت نکنید، شاید خدا از سر تقصیرات شما بگذرد. 3ـ دیگر نه برای من نامه بنویسید و نه اجازه دهید منافقین هر چه اسرار مملکت است را به رادیوهای بیگانه دهند. 4ـ نامه‌ها و سخنرانی های منافقین که به وسیلۀ شما از رسانه‌ های گروهی به مردم می‌ رسید؛ ضربات سنگینی بر اسلام و انقلاب زد و موجب خیانتی بزرگ به سربازان گمنام امام زمان ـ روحی له الفداء ـ و خون های پاک شهدای اسلام و انقلاب گردید؛ برای اینکه در قعر جهنم نسوزید خود اعتراف به اشتباه و گناه کنید، شاید خدا کمکتان کند. واللّه‌ قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم، ولی در آن وقت شما را ساده‌لوح می‌ دانستم که مدیر و مدبر نبودید ولی شخصی بودید تحصیلکرده که مفید برای حوزه‌ های علمیه بودید و اگر اینگونه کارهاتان را ادامه دهید مسلماً تکلیف دیگری دارم و می‌دانید که از تکلیف خود سرپیچی نمی‌ کنم. واللّه‌ قسم، من با نخست‌ وزیری بازرگان مخالف بودم ولی او را هم آدم خوبی می‌ دانستم. واللّه‌ قسم، من رأی به ریاست جمهوری بنی‌صدر ندادم و در تمام موارد نظر دوستان را پذیرفتم. سخنی از سرِ درد و رنج و با دلی شکسته و پر از غم و اندوه با مردم عزیزمان دارم: من با خدای خود عهد کردم که از بدی افرادی که مکلف به اغماض آن نیستم هرگز چشم‌پوشی نکنم. من با خدای خود پیمان بسته‌ ام که رضای او را بر رضای مردم و دوستان مقدم دارم؛ اگر تمام جهان علیه من قیام کنند دست از حق و حقیقت برنمی‌دارم. من کار به تاریخ و آنچه اتفاق می‌ افتد ندارم؛ من تنها باید به وظیفۀ شرعی خود عمل کنم. من بعد از خدا با مردم خوب و شریف و نجیب پیمان بسته‌ ام که واقعیات را در موقع مناسبش با آنها در میان گذارم. تاریخ اسلام پر است از خیانت بزرگانش به اسلام؛ سعی کنند تحت تأثیر دروغ های دیکته شده که این روزها رادیوهای بیگانه آن را با شوق و شور و شعف پخش می‌ کنند نگردند. از خدا می‌ خواهم که به پدر پیر مردم عزیز ایران صبر و تحمل عطا فرماید و او را بخشیده و از این دنیا ببرد تا طعم تلخ خیانت دوستان را بیش از این نچشد. ما همه راضی هستیم به رضایت او؛ از خود که چیزی نداریم، هر چه هست اوست. والسلام. یکشنبه 6/1/68 روح‌اللّه‌ الموسوی الخمینی" هاشمی به دیدار امام می‌ره و متوجه عصبانیت و تصمیم امام برای یه اقدام تند می‌شه اما خواهش میکنه دست نگه دارن تا بررسی بیشتری بشه. امام  اما باز نامه‌ تندی به آقای منتظری می‌نویسن. امام اصرار داشتن این نامه از رادیو پخش بشه اما با اصرار هاشمی از پخشش منصرف میشن. با وجود اینکه امام ساعت 9 و نیم شب، وقت ملاقات نمی‌دادن، آقایان خامنه ای، هاشمی، مشکینی و امینی برای حل مساله به دیدار امام می‌رن. آیت الله خامنه ای و هاشمی ترجیحشون حفظ آقای منتظری و پیدا کردن یه راه برای تعدیل و مهار شرایط بوده اما امام قبول نمیکنن و پیشنهاد هاشمی برای تلطیف نامه رو هم رد می‌کنن. اون نامه بدون اینکه تو رادیو خونده بشه، به دست آقای منتظری می‌رسه و باعث می‌شه 7 یک 68 نامه ای بنویسن به امام و استعفاشونو اعلام کنن [‏‏بسم الله الرحمن الرحیم. محضر مبارک آیت الله العظمی امام خمینی ـ مدظله العالی‏ ‏‏     پس از سلام و تحیت، مرقومۀ شریفه مورخ 6 / 1 / 68 واصل شد. ضمن تشکر از ارشادات و‏‎ ‎‏راهنماییهای حضرتعالی به عرض می رساند، مطمئن باشید همان طور که از آغاز مبارزه تاکنون در همۀ‏‎ ‎‏مراحل همچون سربازی فداکار و از خود گذشته و مطیع در کنار حضرتعالی و در مسیر اسلام و انقلاب‏‎ ‎‏بوده ام، اینک نیز خود را ملزم به اطاعت و اجرای دستورات حضرتعالی می دانم؛ زیرا بقا وثبات نظام‏‎ ‎‏اسلامی مرهون اطاعت ازمقام معظم رهبری است. برای هیچ کس قابل شک نیست که این انقلاب عظیم‏‎ ‎‏تا کنون در سایۀ رهبری و ارشادات حضرتعالی از خطرات مهمی گذشته؛ و دشمنان زیادی همچون‏‎ ‎‏منافقین کوردل، که دستشان به خون هزاران نفر از مردم و شخصیتهای عزیز ما و از جمله فرزند عزیز‏‎ ‎‏خود من‏‎[1]‎‏ آغشته است، و سایر جناحهای مخالف و ضد انقلاب و سازشکار و لیبرال مآبهای کج فکر‏‎ ‎‏را رسوا واز صحنه خارج نموده است. آیا جنایات هولناک وضربات ناجوانمردانۀ این روسیاهان‏‎ ‎‏کوردل به انقلاب و کشور و ملت عزیز و فداکار ما فراموش شدنی است؟ و اگر بلندگوهای آنان و‏‎ ‎‏رادیوهای بیگانه خیال می کنند با جوّسازیها و نشر اکاذیب و شایعه پراکنیها به نام اینجانب می توانند به‏‎ ‎‏اهداف شوم خود برسند و در همبستگی ملت ما رخنه کنند، سخت در اشتباهند.‏ ‏‏     و راجع به تعیین اینجانب به عنوان قائم مقام رهبری، خود من از اول جداً مخالف بودم؛ و با توجه به‏‎ ‎‏مشکلات زیاد و سنگینی بار مسئولیت، همان وقت به مجلس خبرگان نوشتم که تعیین اینجانب به‏‎ ‎‏مصلحت نبوده است. و اکنون نیز عدم آمادگی خود را صریحاً اعلام می کنم. و از حضرتعالی تقاضا ‏می کنم به مجلس خبرگان دستور دهید مصلحت آیندۀ اسلام و انقلاب و کشور را قاطعانه در نظر‏‎ ‎‏بگیرند. و به من اجازه فرمایید همچون گذشته یک طلبۀ کوچک و حقیر در حوزۀ علمیه به تدریس و‏‎ ‎‏فعالیتهای علمی و خدمت به اسلام و انقلاب، زیر سایۀ رهبری حکیمانۀ حضرتعالی، اشتغال داشته‏‎ ‎‏باشم. و اگر اشتباهات و ضعفهایی که لازمۀ طبیعت انسان است رخ داده باشد، ان شاءالله با رهبریهای‏‎ ‎‏حضرتعالی مرتفع گردد.‏ ‏‏     و از همۀ برادران و خواهران عزیز و علاقه مند تقاضا می کنم مبادا در مورد تصمیم مقام معظم‏‎ ‎‏رهبری و خبرگان محترم، به بهانۀ حمایت از من، کاری انجام دهند و یا کلمه ای بر زبان جاری نمایند؛‏‎ ‎‏زیرا مقام معظم رهبری و خبرگان جز خیر و مصلحت اسلام و انقلاب را نمی خواهند. ‏ ‏‏     امید است این شاگرد مخلص را همیشه از راهنماییهای ارزندۀ خود بهره مند، و از دعای خیر‏‎ ‎‏فراموش نفرمایید. والسلام علیکم و رحمة الله و برکاته.‏ ‏‏7 / 1 / 68 ـ حسینعلی منتظری‏‏ امام هم بلافاصله استعفا رو قبول می‌کنن و تو جواب نامه، رهبری نظام جمهوری اسلامی رو مسئولیت خطیری عنوان می کنن که از طاقت آقای منتظری خارجه. متن پاسخ امام 8 یک 68 فراگیر میشه و در رسانه های رسمی خونده میشه ‏بسم الله الرحمن الرحیم‏ ‏‏جناب حجت الاسلام و المسلمین آقای منتظری ـ دامت افاضاته‏ ‏‏     با سلام و آرزوی موفقیت برای شما، همان طور که نوشته اید رهبری نظام جمهوری‏‎ ‎‏اسلامی کار مشکل و مسئولیت سنگین و خطیری است که تحملی بیش از طاقت شما‏‎ ‎‏می خواهد. و به همین جهت، هم شما و هم من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودیم، و در‏‎ ‎‏این زمینه هر دو مثل هم فکر می کردیم. ولی خبرگان به این نتیجه رسیده بودند؛ و من هم‏‎ ‎‏نمی خواستم در محدودۀ قانونی آنها دخالت کنم. از اینکه عدم آمادگی خود را برای‏‎ ‎‏پست قائم مقامی رهبری اعلام کرده اید پس از قبول، صمیمانه از شما تشکر می نمایم.‏‎ ‎‏همه می دانند که شما حاصل عمر من بوده اید؛ و من به شما شدیداً علاقه مندم. برای اینکه‏‎ ‎‏اشتباهات گذشته تکرار نگردد، به شما نصیحت می کنم که بیت خود را از افراد ناصالح‏‎ ‎‏پاک نمایید؛ و از رفت و آمد مخالفین نظام، که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی خود را جا می زنند، جداً جلوگیری کنید. من این تذکر را در قضیۀ «مهدی هاشمی»‏‎[2]‎‏ هم‏‎ ‎‏به شما دادم. من صلاح شما و انقلاب را در این می بینم که شما فقیهی باشید که نظام و‏‎ ‎‏مردم از نظرات شما استفاده کنند. از پخش دروغهای رادیو بیگانه متأثر نباشید. مردم ما‏‎ ‎‏شما را خوب می شناسند، و حیله های دشمن را هم خوب درک کرده اند که با نسبتِ هر‏‎ ‎‏چیزی به مقامات ایران کینۀ خود را به اسلام نشان می دهند.‏ ‏‏     طلاب عزیز، ائمۀ محترم جمعه و جماعات، روزنامه ها، و رادیو ـ تلویزیون، باید برای‏‎ ‎‏مردم این قضیۀ ساده را روشن کنند که در اسلام مصلحت نظام از مسائلی است که مقدم بر‏‎ ‎‏هر چیز است، و همه باید تابع آن باشیم. جنابعالی ان شاءالله با درس و بحث خود حوزه و‏‎ ‎‏نظام را گرمی می بخشید. والسلام علیکم.‏ ‏‏8 / 1 / 68‏ ‏‏روح الله الموسوی الخمینی‏ بعدها محمد، برادر شیخ اکبر هاشمی گفته بود: بعد از عزل آقای منتظری، آقای هاشمی خیلی ناراحت بود امام به آقای هاشمی پیشنهاد داده بودن که خبرگان شما رو به‌عنوان قائم مقام معرفی کنند، نامه دهند، من نامه دهم، تایید می‌کنند. آقای هاشمی تقریبا یک هفته گریه می‌کرد و می‌گفت نه، من نمی‌خوام. از امام خواهش می‌کرد که چنین کاری نکنن، یعنی کرارا خواهش کرده بود که چنین کاری نکنن. مثلا یکی از دلایلی که پرسیدیم، ایشان می‌گفتن اگر من چنین چیزی را می‌پذیرفتم، اینگونه می‌شد که قضیه آقای منتظری را مثلا من این کار را کردم و ایشان نکرده بود، کسانی دیگر بودند. بنابراین بله، به آقای هاشمی پیشنهاد شده بود، ولی ایشان نپذیرفت. حتی از طرف خود امام هم پیشنهاد شده بود. اواخر اردیبهشت ماه 68، پزشکان متوجه میشن که امام، به سرطان معده مبتلا شده. امام می بایست جراحی می‌شد در حالیکه معلوم نبود قلب رنج دیده ش توان این عملو داشته باشه یا نه. عمل موفقیت آمیزه بوده اما وضعیت جسمی امام دیگه مساعد نمیشه. دهم خرداد هاشمی به دیدار امام میره. خودش از ان دیدار این طور نوشته: سری به بیت امام زدم، دکترها و اطرافیان راضی بودند و احمدآقا نگران بود و برای تعجیل در اتمام کار بازنگری قانون اساسی تاکید داشت، کنار تخت امام ایستادم و دستم را روی دستشان گذاشتم. انگشت شست من را گرفتند و با کلمات مقطع فرمودند: در بازنگری قانون اساسی تسریع شود و سپس چشمانشان را باز کردند و شمرده با صدای ضعیف اضافه کردند اگر متحد باشید انقلاب پیشرفت می‌کند. مکثی کردند و ادامه دادند: به خصوص شما و آقای خامنه‌ای نگذارید خناسان بین شما و ایشان فتنه کنند. 13 خرداد حال امام وخیم می‌شه. ساعت ده و بیست و دو دقیقه شب خمینی با دلی آرام و قلبی مطمئن به سوی جایگاه ابدی خود سفر کرد پخش خبرفوت امام و مطالب مرتبط پخش مصاحبه هاشمی حین نماز امام از خبرگان رهبری خواسته می‌شه فورا خودشونو برسونن تهران. وصیت نامه امام توسط آیت الله خامنه ای خونده می‌شه. پخش صدای اقا حین خواندن متن وصیت نامه پیشنهاد رهبری شورایی رای نمیاره و به رهبری فردی می‌رسن. پخش صدای جلسه مربوط به این قسمت به خاطر سن بالا و توان جسمی آیت الله گلپایگانی، رهبری ایشون طرفدار چندانی نداره و نام آیت الله  خامنه‌ای مطرح می‌شه. وسطای مجلس خبرگان، آقای شبستری به نقل قول آیت الله طاهری اشاره میکنه. ظاهرا امام به آیت الله طاهری درباره صلاحیت آقای خامنه‌ای برای رهبری اشاره کرده بوده. بعد از این اشاره آقای شبستری، هاشمی که رئیس مجلس خبرگان بوده به اعضای خبرگان می‌گه اگه بخواین اینو بگم. دو نفر از نماینده ها بلند می‌شن و می‌گن «اگه امام درباره صلاحیت آقای خامنه‌ای برای رهبری حرفی زده، بگین تا بدونیم، نظر امام مهمه.» اینجاست که هاشمی رفسنجانی اون خاطره‌ رو نقل می‌کنه:[1] پخش واکنش آقا و صحبت شون. پخش صدای آقا در سال های بعد که ماجرای مجلس خبرگان رو نقل می کنند   با رهبر شدن آیت الله خامنه‌ای، هاشمی ، از ریاست مجلس استعفا می‌کنه و نامزد ریاست جمهوری می‌شه. اون با 15 میلیون و 550 هزار رای، تقریبا 95 درصد کل آرارو برا خودش میکنه. هاشمی با حکم رهبر انقلاب، رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام هم میشه.